Veszélyes dolog városban élni. Megmagyarázhatatlan gyilkosságok, rejtélyes gázmérgezések, és tolvajlások borzolják az emberek idegeit. Az indíték, a tettesek kiléte ismeretlen. És ez még csak a kezdet.
Voltaképpen itt kezdődik a történet. A főhős, Emiya Shirou egy iskolás srác, aki 10 évvel korábban egy tűzvész kapcsán elvesztette az apját, tudtán kívül olyasmibe fog belekeveredni, amiről álmodni sem mert. De ne szaladjunk előre. A tűzvész óta Emiya egy házban él együtt két "lakótárssal". Egy kissé flúgos tanárnővel, Fujimurával, aki az ő iskolájában tanít, és egy közeli barát, Matou Sakura is sok időt tölt velük.
Emiya napja viszonylag eseménytelen volt, egészen estig, amikor egy barátja megkérte, hogy takarítsa ki neki az Íjász Klub épületét. Amíg viszont ezzel foglalkozott, furcsa zajra lett figyelmes odakintről, és amikor kiment, hogy körülnézzen, meglátott valamit, amit nem kellett volna... Az első ilyen találkozásba majdnem belehalt, és a másodiknál is otthagyhatta volna a fogát... ha nem bukkant volna föl egy páncélba öltözött, szőke lány, aki megmenti az életét. Ő Saber, akit Emiya a tudtán kívül megidézett, és aki ettől fogva a testőre lesz. Emiya pedig lassanként rádöbben, hogy épp most csöppent bele egy háborúba, amely minden idők egyik leghatalmasabb kegytárgyáért, a Szent Grálért zajlik...

A "Mágusok" közül Emiya Shirou a legtapasztalatlanabb, de van egy hasznos trükkje: képes a tárgyakat manipulálni. Ez a képessége lassanként továbbfejlődik, amire szüksége is lesz a későbbiek folyamán, a túlélés érdekében. Szentül hisz az igazság, és az ártatlanok védelmében, és kezdetben ez az, amiért úgy dönt, hogy beszáll a küzdelembe. Idővel azonban rájön, hogy van, ami még ennél is fontosabb a számára...
Azon az estén, Shirou akaratlanul is megidézett valakit, Saber-t, a 7 Servant közül az egyik legerősebbet. Shirou-val ellentétben ő mindenképp meg akarja szerezni a Grált, mert a hatalma révén neki is telesülhetne egy kívánsága. Ez a kívánság(vágy) azonban sok konfliktust okoz még kettejük között, mivel ugyanolyan makacs, és önfeláldozó mindkettő. :-)
Tohsaka Rin látszólag csak egy jómódban élő, kívülről meglehetősen hűvös lány. A felszín alatt viszont képzett mágus, aki már az elején elkezd segíteni Shirou-nak, mégha kicsit kelletlenül is...
Ilyasviel von Einzbern talán a legellentmondásosabb főszereplő valamennyiük közül. A külseje elég megtévesztő, bár idővel egész rokonszevessé válik.
Kotomine Kirei egy pap. Csakhogy nem akármilyen pap, ő felügyel arra, hogy a Grálért vívott harcok során minden résztvevő betartsa a szabályokat, Shirou is tőle tud meg néhány lényeges dolgot ezzel kapcsolatban. A lényeget viszont valahogy elfelejti megemlíteni...

Miután Shirou tisztába kerül a helyzettel, vagyis, hogy 7 mágus, és Servant-jeik között valami nagy dolog zajlik, meggondolja magát, és úgy dönt, vállalja a harcot, mert nem akarja, hogy megismétlődjön az, ami tíz évvel korábban történt. Ezzel viszont belemászott egy olyan dologba, amelyről alig tud valamit, mert ahogy egyre tovább, és tovább jut előre, rájön, hogy a helyzet bonyolultabb annál, mint azt gondolta. A titkok, melyek felfednék előtte a valós képet, homályban maradnak előtte egészen a végkifejletig. És miközben ő, és Rin az életükért küzdenek, Shirou Saber-el való kapcsolata is egyre bonyolódik, ami további kérdéseket vet fel a jövőjükkel kapcsolatban...